1、纳税申报周期不同
一般纳税人都具有较高的会计核算水平，因此需要按月进行申报，即需在每月的15日前完成企业上月的申报纳税；而小规模纳税人则是以季度为申报周期，将会在每年的1月、4月、7月以及10月的15号前完成对上个季度的纳税申报。
2、计税方式不同
根据相关规定，一般纳税人通常采用增值税一般计税方式，主要是针对企业的利润进行征收，其公式为应纳税额=（当期销售收入-当期进项）*增值税税率；而大部分小规模纳税人则是采用简易计税方式，则是对企业的销售额进行征税，其公式为应纳税额=当期销售收入*增值税征收率。
3、税率不同
通常来说，一般纳税人适用于增值税税率，主要包含16%、10%以及6%，如企业销售或者进口货物是按照16%进行征收，像建筑服务、邮政服务、基础电信服务等是按照10%征收，而像提供教育医疗服务、旅游娱乐服务等，则是按照6%征收。对于小规模纳税人来说，适用增值税征收率，分别为5%与3%，像小规模纳税人销售货物或者加工、修理修配劳务等，则是按照3%进行征收，而像销售不动产则是按照5%征收。
4、发票不同
根据相关规定，一般纳税人可开具增值税专票发票与普票，享受抵扣进项税的政策优惠；而绝大多数小规模纳税人只能自行开具普票，若想开具专票也只能找税局代开，且不能享受抵扣政策。
